Acerca de… R en el New York Times.

Hola.

He encontrado otro blog de wordpress en el que escriben sobre R. El blog se llama Modelos estadisticos 1, al parecer es el blog de un curso sobre modelos estadísticos. Pinchando aquí podéis leer una entrada en la que hacen referencia a un artículo en el New York Times sobre R.

El autor de dicho artículo,Ashlee Vance, además tiene una entrada sobre R en un blog del NYTimes. Según dice, ya hay una empresa que trabaja con una versión comercial de R, algo parecidoa RedHat en linux.

Aunque no es la única hay otra llamada Vhayu, mirad aquí para un comentario en el blog de la empresa.

Saludos.

Acerca de… software opensource para gestionar un herbario

Una entrada cortita.

Para gestionar herbarios también hay opensource. Es un programa llamado Bauble, segun ello@s un Biodiverstiy collection manager. Podeis ver unas capturas de pantalla aquí.

Saludos.

Acerca de… entrevista Richard Stallman.

Hola.

A este señor, es al que se le ocurrió lo del software libre. Hay una entrevista en el País.

Habla de la diferencia entre Linux y GNU/Linux… yo no lo tengo muy claro. Al parecer Linux, es el núcleo de los sistemas operativos GNU/Linux.

Los que empezaron con el software libre, con GNU, no acababan de tener un núcleo decente hasta que se creó Linux. Sobre estas palabrejas opensourceras mirad aquí.

Gracias a Eloi que lo ha publicado en su blog.

Sí, sí , ya se que está en portugués, pero si ellos nos entiende nosotros podemos entenderlos, además tiene unos apartaditos sobre R y sobre Ubuntu.

Saludos.

Acerca de… ¿Zotero?

Hola.

Después de una larga pausa. Vuelvo al ataque.

He encontrado un nuevo gestor de referencias bibliográficas, zotero.

Es un poco peculiar, es un complemento de firefox, esto que al principio choca un poco es una gran ventaja: es multiplataforma y realmente fácil de instalar.

Una de sus ventajas es que cuando entras en la web de una revista científica o una tienda de libros o cosas así el programa «siente» la referencia, y te muestra un iconito en la barra de direcciones de firefox, pinchas en él, y automáticamente te incorpora la referencia a tu base de datos.

Aun estoy probándolo, de momento he importado mis referencias del Reference Manager, con algún problema con los acentos y de 100 en 100 que si no se cuelga.

Es bastante simple y intuitivo y es opensource, de momento la mejor opción que he encontrado. Ya os contaré.

Hay una guía de inicio rápido en español.

Seguiré informando.

Acerca de… guardar gráficos en R

Hola.

Alguien llegó al blog el otro día buscando como salvar gráficos en R, yo lo hago así:

Primero escribo:

jpeg("imagen.jpg")

Esta orden, comando o como se llame, lo que hace es abrir una cosa que llaman «graphic device» donde pone el resultado de las ordenes de gráficos que le demos a continuación. Por ejemplo:

plot(c(1:20),c(20:40))

Normalmente, si escribimos plot(loquesea), automáticamente vemos el resultado en la pantalla, pero como antes hemos puesto el jpeg() ahora no vemos nada.

Solo cuando tecleamos…

dev.off()

el R nos crea una imagen llamada imagen.jpg en el directorio de trabajo. Esta imagen contiene el resultado de la orden plot() o la que hayamos utilizado.

También podemos salvar el script, escribimos las tres cosas seguidas en un archivo de texto y cada vez que queramos hacer este gráfico o uno parecido solo tenemos que modificar lo que queramos cortar y pegar en la consola.

jpeg("imagen.jpg")

plot(c(1:20),c(20:40))

dev.off()

La orden jpeg() tiene unos cuantos parámetros como:

nombre de archivo: siempre entre comillas, en este caso imagen.jpg

height= y width=: altura, anchura, en pixels

quality=: para elegir la calidad ds compresión del jpg. Entre 0 y 100.

entre otros.

Podemos cambiar jpeg() por bmp(), png() o tiff(),pero en cada caso hay que consultar la ayuda

?bmp

o

help(bmp)

Para ver que parámetros podemos modificar.

Saludos.

P.D.: He encontrado otro software de referencias bibliográficas open source. He añadido un comentario en la entrada sobre software para referencias bibliográficas.

Edito (09/02/2009): he encontrado algunos errores en el texto, faltaba algún paréntesis y había alguna falta de ortografía… no debía ser  muy importante por que nadie ha dicho nada.

Acerca de… software libre, Camboya y un español

Hola.

Una noticia interesante sobre el uso del software libre en países en desarrollo.

Pues eso.

Saludos.

Acerca de… encuesta distribuciones

Hola,

No se como encontré esta encuesta para elegir qué distribución de Linux es más adecuada. Es interesante, por si alguien no se encuentra a gusto o no sabe por donde entrar en Linux.

Saludos.

Acerca de… alternativas al Adobe Acrobat

Hola.

En este Blog sobre Open Access he leído sobre otro Blog de Tecnología y Productividad en el que nos dan 50 alternativas de código abierto/gratuitas para el Adobe Acrobat.

Yo os añado otra alternativa, Xournal, no es específicamente para hacer pdf pero se puede utilizar. Está un poco a medias, pero irá avanzando… espero.

Es curioso esto del Open access, había oído algo, pero no tengo mucha idea. La cuestión es bastante sencilla: producimos ciencia y la publicamos para que la lea todo el mundo, pero a pesar de haber hecho la ciencia con fondos públicos, las revistas tienen los derechos de los artículos y cobran al que quiera leerlos. Lo lógico sería que si mi trabajo lo pagan los contribuyentes todos podamos acceder a mis resultados.

De hecho no estoy seguro de que pueda colgar mis artículos en esta web.

Más sobre el tema en el blog de antes.

Saludos.

Acerca de… una entrevista.

Hola.

Siguiendo con el tema del post sobre Windows y Linux…

Una interesante entrevista con Franz Meyer en el diario Público. Este señor es el director de RedHat en Europa. Para los que no tengáis ganas de pinchar enlaces os digo que RedHat es una empresa que mantiene una distribución de Linux.

Saludos.

Acerca de… programas opensource para gestionar referencias bibliográficas

Hola.

Actualmente utilizo Reference Manager, pero como sabéis es de pago.

Además, en el ordenador de casa me he pasado a Ubuntu y por supuesto, el RM no funciona en Linux.

He estado buscando algún programa que fuera open source, he encontrado dos:

JabRef funciona en windows (en el curro aun estoy con BGates), se instala facilmente, incluso he conseguido importar mis bases de datos desde el RM (otro dia explico como)
Pero, siempre hay un pero, no parece sacar un output con las referencias formateadas, y no nos engañemos, a la hora de redactar un paper es muy interesante poder formatear automáticamente la bibliografía.

RefDB Este esta hecho más para linuxeros, y para usuarios de Latex. No lo he probado por que para que funcione en windows, en el curro, tengo que instalar antes Cygwin, una especie de emulador de linux para windows, y ahí ya patino… tendré que estudiarlo. Lo triste es que este si que parece sacar un output formateado según las manías de las revistas. Además, nos avisan:

This is not a graphical pointy-clicky tool (except for the web interface). Be prepared for command lines.

jeje, para que no digamos que no nos lo habían dicho… me están entrando ganas de probarlo.

De momento esto es todo, saludos.

Edito (03/12/2008)

Pues lo he probado, el RefDB, o mejor dicho lo he intentado. No he conseguido que funcione, al final tienes que instalar tantas cosas para que funcionen tantas otras que me he perdido.

He encontrado otro:

Pybliograher, creo que solo en línux. Al parecer puede integrarse con Openoffice y permite hacer búsquedas en internet como el Reference Manager.

Saludos.